Berdasarkan Peraturan Gubernur Jawa Tengah Nomor 3 Tahun 2026, Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang ( PUPR ) Provinsi Jawa Tengah , Susunan Organisasi BALAI PSDA JRATUN SELUNA terdiri dari :
- Kepala Balai
- Subbagian Tata Usaha
- Pokja Operasi dan Pemeliharaan
- Pokja Pengendalian dan Pendayagunaan
- Kelompok Jabatan Fungsional
Bagan Struktur Organisasi Balai Pengelolaan Sumber Daya Air Jratun seluna dapat digambarkan sebagai berikut :
