Berdasarkan Peraturan Gubernur Jawa Tengah Nomor 37 Tahun 2018, Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Pekerjaan Umum Sumber Daya Air dan Penataan Ruang Provinsi Jawa Tengah , Susunan Organisasi BALAI PSDA BODRI KUTO terdiri dari :
- Kepala Balai
- Subbagian Tata Usaha
- Seksi Operasi dan Pemeliharaan
- Seksi Pengendalian dan Pendayagunaan
- Kelompok Jabatan Fungsional
Bagan Struktur Organisasi Balai Pengelolaan Sumber Daya Air Bodri Kuto dapat digambarkan sebagai berikut :
